生殖器疱疹其病原体为疱疹病毒，可分为两型， HSV-1和HSV-2。 其中 80% 的疾病是由 HSV-2 型引起，主要通过性交引起生殖器疱疹，而 Ⅰ 型病毒主要通过口唇相吻等方式传播，引起唇部疱疹或口咽，眼及皮肤感染，

病毒 Ⅱ 型进入人体后多潜伏在骶 2-4 背根神经内寄生，当人体免疫力下降时，病毒大量繁殖，并沿神经通路到达阴部表皮产生疱疹。病情反复发作。  

以上是对生殖器疱疹发病机理的简单描述。