中医学认为，任何疾病都是由于正邪斗争的结果，生殖器疱疹也不例外。其病性早期属热证、实证，为湿热、毒火阻滞肝脉；后期则伴有肝肾不足。

中医认为生殖器疱疹的病因是：

(1)湿热下注　湿热蕴积于下焦，注于阴部，发为生殖器疱疹。

(2)外感淫毒　淫欲过度，不洁性交，外染毒邪，蕴结于局部皮肤粘膜，则发为生殖器疱疹。

(3)肾气不足　肾开窍于前后二阴，或由于房劳过度，或由于湿热、淫毒久稽，耗伤肾阴；日久阴损及阳，也可造成肾阳不足。当肾阴肾阳受损后，人体阴阳就会失调，疾病就容易复发。

中医治疗主要是根据症状、体征，结合舌脉，对生殖器疱疹的三型，即湿热下注、毒热蕴结、肾气不足，分别给予不同的治疗方法。