治疗生殖器疱疹可分系统治疗和局部治疗，以系统治疗为主，可同时辅以心理疗法。

系统治疗是采用系统用药方式并对疗程进行跟踪观察，这方面药物较多。如阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦、西多福韦、磷甲酸钠、干扰素、消炎痛、左旋咪唑以及中药等。阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦是最常用而有效的药物，它们对原发和复发性疱疹都有较好疗效，现简要介绍于下：

⑴阿昔洛韦：临床应用已达 20 余年，其疗效及安全性已被肯定，可缩短病程，减少病毒排放，促进皮损愈合。

⑵伐昔洛韦 ( 商品名为明竹欣及丽珠威 ) ：为阿昔洛韦的前体左旋缬氨酸酯，亦是核苷类药物。口服后迅速吸收，且几乎完全水解转化为阿昔洛韦。

⑶泛昔洛韦：一种新的开链鸟苷衍生物，口服吸收后在体内迅速水解出母体喷昔洛韦及三磷酸阿昔洛韦，具有抗疱疹病毒作用。

局部治疗是在系统用药时配合使用一些外用制剂。具体做法是保持患处清洁、干燥，同时外用药物。可用药物有：

⑴阿昔洛韦外用膏霜及无环鸟苷眼液外搽患部。

⑵酞丁胺搽剂：局部外用能明显抑制病毒复制，对原发性疱疹效果好。

⑶ 3% 藤黄酊，局部外用可起消炎、收敛、促进水疱结痂和止痛作用。