主要诊断依据有:

一、有婚外性生活或配偶生殖器疱疹病史，或其他密切接触史。
二、存在典型的临床表现,外阴部成群水疱、局部灼热感、有复发史、病程较短等，初次发作或反复发作者。
三、结合实验室检查以明确诊断。

　　为了证实生殖器HSV感染的诊断，有必要证明患者体内有单纯疱疹病毒的出现。检测血流中的HSV抗体是不充分的，因为这并不能确定HSV感染的部位。

　　通常程序是医生用棉拭子采集水疱的疱液、溃疡组织液或生殖器分泌物标本，并送检分析。实验室分析通常采用病毒培养（在细胞及培养基中有病毒生长）或抗原检测法（特异性地识别病毒的成分）。

　　由于生殖器疱疹患者可能同时合并其它的性传播感染，应作全面的泌尿生殖器检查。对女性作检查时，可能包括宫颈涂片检查。

　　当作血清抗体检测时，可能发现被检查者有HSV感染，但却未表现出生殖器部位的症状，此时仍然有必要进行生殖器HSV感染的 确证。如果这种血清学检查是HSV-2抗体的特异性检测方法，那么具有生殖器HSV感染的可能性，但仍然不能确诊。医生应要求被检查者在出现生殖器症状或不适时复诊，以采集标本作实验室确诊。

四、根据病史、症状和实验室检查、临床诊断，一般可把生殖器疱疹诊断为原发性生殖器疱疹和复发性生殖器疱疹两型。

诊断

由于生殖器疱疹的病情和个体差异变化如此之大，而任何性传播感染的治疗都有特殊性和特异性，准确的诊断是必需的。

在活动性疱疹感染之时，尤其是初发有症状感染时，较容易和正确作出生殖器疱疹的诊断。在进行诊断时，医生需要采集病史、作体格检查和采集标本以检测病毒。此时，可以见到生殖器分泌物和包含液体的水疱，这些对于感染的证实是必要的。 在优化治疗方案时，明确的诊断能给患者和医生提供必需的信息。