系统治疗是采用系统用药方式并对疗程进行跟踪观察，这方面药物较多。如阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦、西多福韦、磷甲酸钠、干扰素、消炎痛、左旋咪唑以及中药等。由于阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦是最常用而有效的药物，它们对原发和复发性疱疹都有较好疗效，现简要介绍于下：

　　⑴阿昔洛韦：临床应用已达20余年，其疗效及安全性已被肯定，可缩短病程，减少病毒排放，促进皮损愈合。原发性生殖器疱疹：每次服200mg，每日5次，连服7～10天。复发性生殖器疱疹：最好在前驱症状或损害出现24小时内口服200mg，每天5次，连服5天；或者复发前驱症状出现时立即口服800mg，每天1次，连服7天。如疱疹频繁发作(1年复发6次以上)，可口服400mg，每日2次；或口服200mg，每日3次，连服4～12个月，据报道，可使80%～90%病人复发次数降低，连服3年可消除感染。

　　⑵伐昔洛韦(商品名为明竹欣及丽珠威)：为阿昔洛韦的前体左旋缬氨酸酯，亦是核苷类药物。口服后迅速吸收，且几乎完全水解转化为阿昔洛韦。原发性生殖器疱疹：口服300mg，每日3次，连服7～10天。复发性生殖器疱疹：最好于前驱症状或损害出现24小时内治疗，口服300mg，每日2次，连服5天。如发作频繁，为减少复发次数，可口服300mg，每日1次，连服4～12个月。

　　⑶泛昔洛韦：一种新的开链鸟苷衍生物，口服吸收后在体内迅速水解出母体喷昔洛韦及三磷酸阿昔洛韦，具有抗疱疹病毒作用。原发性生殖器疱疹：每次服250mg，每日2次，连服7～10天。复发性生殖器疱疹：在前驱症状或皮损出现24小时内治疗，口服125mg，每日2次，连服5天。频繁发作者，可连续服用4～12个月。

　　局部治疗是在系统用药时配合使用一些外用制剂。具体做法是保持患处清洁、干燥，同时外用药物。可用药物有：

　　⑴阿昔洛韦外用膏霜及无环鸟苷眼液外搽患部，每日数次。

　　⑵酞丁胺搽剂：局部外用能明显抑制病毒复制，对原发性疱疹效果好。

　　⑶3%藤黄酊：藤黄为藤黄科植物，其分泌的一种干燥胶质内含 α- 藤黄酸及藤黄酮等，局部外用可起消炎、收敛、促进水疱结痂和止痛作用。

　　精神紧张容易导致生殖器疱疹复发，有研究表明，接受放松疗法的患者精神状态好转，免疫功能增强，复发次数可减少。所以，病人应尽量消除对此病的恐惧心理，保持心情愉快，这对提高治疗效果有利。