造成阴茎疼痛的主要原因就是各种外伤、以及性交过度而造成的。另外，像咬伤 ( 被人或是虫咬都有可能 ) 、长丘疹或是任何表皮外伤都是常常引起阴茎疼痛的原因。

另一种造成阴茎疼痛的常见病因是阴茎感染了生殖器疱疹 (Genital Herpes) 。在病发 ( 疹子长出来 ) 之前，受感染的部位会有持续 5—6 天灼烧、发痒或疼痛的现象，随后在表皮上就可以发现明显的、看得见的溃伤了。一旦这些水泡样的溃伤逐渐愈合，则疼痛的症状也会随之消失。在第一次发作过疱疹之后，有些患者会持续好几个月、好几年甚至终生都不再复发，但是有些病人却经常有复发的情形。阿昔洛韦是一种抗病毒性的药剂，口服使用效果很好，不但可以减轻病发时的剧痛，也能有效地减低复发的频率。

前列腺发炎常常会引起阴茎的疼痛，这种情形可能是因为阴茎部位受到感染或是刺激所导致。若是受到感染，就必须以抗生素进行治疗；假使是受到刺激，则只要有充分的休息就可以使症状减轻。

另外有一些通过性行为传染且会造成疼痛症状的则是非典型的尿道炎 ( 通常是由披衣菌引起的尿道感染或尿道发炎现象 ) 和淋病，虽然有青霉素及其他种类的抗生素药品等发明，淋病仍然对人们造成相当大的困扰。而在未割除包皮的男性身上，容易发生包皮内的感染 ( 即龟头炎 ) ，这也会使得阴茎有疼痛和肿大的症状，通常只要针对真正的病源作适当的治疗，大多能顺利地消除各种不适的疾病症状。

下列则是引起阴茎疼痛较不常见的原因：

1. 阴茎癌 , 治疗这个病的方法是实行外科手术。

2. 北洛尼氏病 (Peyronies's Diseas) ，这种毛病指的是在阴茎里有结疤组织形成，一般以外科手术就能改善这种状况。